Des dels segles baix medievals, el monestir ha intentat dominar l’aigua de l’estany mitjançant una xarxa de recs i sèquies. Hi ha notícies d’obres de manteniment d’aquesta xarxa l’any 1554, amb l’objectiu de millorar la salubritat de la zona i guanyar terrenys de conreu, augmentar la producció agrícola i cobrar més impostos.
La dessecació final de l’estany arribà de la mà de l’enginyeria amb la construcció d’una mina de desguàs entre els anys 1734 i 1737. Les obres d’aquesta nova infraestructura van consistir a soterrar i cobrir l’antiga sèquia major, i augmentar el pendent d’escorrentia per garantir l’evacuació de les aigües de l’estany.
El traçat total de la mina és de 425 metres. El tram principal inferior de la mina, de 390 metres de longitud, és cobert amb una volta de mig punt, constituïda per roques col•locades en sec, a plec de llibre. La resta del tram superior, d’uns 35 metres de longitud, és arquitravat, cobert amb lloses planes de pedra de gran format recolzades en sec damunt dels murs laterals.
Després de gairebé tres segles en funcionament la mina manté la seva funció, impedir que l’aigua quedi estancada, fent-la circular, i evitar la formació de l’estany. Durant un temps la mina va ser oblidada, però actualment s’ha recuperat com a referent cultural de l’Estany.